Durante gran parte de su rodaje, Bohemian Rhapsody, la película sobre Queen, fue dirigida por Bryan Singer. Sin embargo, luego de no volver al set después del Día de Acción de Gracias, Singer fue despedido. Meses después, se conocerían las acusaciones de violación contra el director. Además de diferencias con Malek durante la producción, después del estreno, incluso llegó a ser demandado por la producción.
Sin embargo, Malek asegura que durante la grabación de Bohemian Rhapsody, él nunca se enteró de las causas sexuales contra Singer. Hablando con Los Angeles Times, Malek dijo: "Me consideraron antes de que Bryan estuviera a cargo. Así que me preparé para esto durante aproximadamente un año antes, y realmente nunca miré hacia arriba... honestamente nunca supe todo lo que pasó".
Finalmente, terminó diciendo que pese a todo lo ocurrido lograron mantener el proyecto sin ser afectados. Una vez que Singer salió, fue reemplazado por Dexter Fletcher.
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